Riječki znanstvenici sudjelovali u velikom uspjehu: Sekvenciran genom virusa COVID-19 izoliran iz pacijenata u Hrvatskoj
Izvor fotografije: Sveučilište u Rijeci
Čestitamo našim profesorima izv. prof. Igoru Juraku s Odjela za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci te prof. Tomislavu Rukavini i Nevenu Sučiću s Medicinskog fakulteta u Rijeci i Nastavnog zavoda za javno zdravstvo, poručili su iz Sveučilišta u Rijeci.
Rijeka – Interdisciplinarni tim hrvatskih znanstvenika uspio je odrediti sekvencu genoma virusa uzročnika COVID-19 te pozicionirati Hrvatsku uz bok znanstveno razvijenih država poput SAD, Japana, Italije. Prva detaljna analiza genoma virusa SARS-CoV-2, uzročnika COVID19, provedena je na Institutu Ruđer Bošković u Laboratoriju za naprednu genomiku pod vodstvom dr. Olivera Vugreka, a u suradnji s izv. prof. Igorom Jurakom s Odjela za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci te prof. Tomislavom Rukavinom i Nevenom Sučićem s Medicinskog fakulteta u Rijeci i Nastavnog zavoda za javno zdravstvo.
Uspostavljanje platforme za analizu te određivanje genoma virusa ima višestruki značaj jer će omogućiti detaljno praćenje evolucije virusa i puteve prijenosa virusa, a što je od iznimnog važno za razvoj novih lijekova i cjepiva. Laboratorij za naprednu genomiku, IRB, vodeći je laboratorij u Hrvatskoj za primjenu modernih tehnologija za analizu gena baziranom na masovnom paralelnom sekvenciranju (eng. NGS). Ovakav pristup, koji omogućava istovremenu analizu velikog broja gena, laboratorij već duži niz godina uspješno primjenjuje za određivanje genetskih uzročnika nasljednih bolesti i genetike raka koja je sada prilagođena za određivanje genoma virusa. Uspjeh istraživača s IRB-a tim je veći jer je voditelj laboratorija, dr. Vugrek razvio vlastiti protokol za analizu uzročnika COVID-19 koji bi mogao biti široko primjenjiv za analize i drugih virusa.
– Požrtvovni rad i domišljatost doktoranda mag. chem. Filip Rokić omogućio je implementaciju i eksperimentalnu izvedbu protokola za sekvenciranje. Važno je napomenuti da ovakav pristup generira enormno veliku količinu podataka koju je moguće analizirati samo uz pomoću sofisticiranih bioinformatičkih alata za koje je bio zadužen još jedan doktorand u laboratoriju, mag. mol biol. Lovro Trgovec-Greif. U ovom istraživanju esencijalno je bilo sudjelovanje prof. Tomislava Rukavine i Nevena Sučića s Nastavnog zavoda za javno zdravstvo u Rijeci te Medicinskog fakulteta u Rijeci koji su s prve crte borbe protiv COVID19 sakupili uzorke pacijenata i proveli dijagnostičku analizu pomoću PCR-a. Prof. Rukavina je vodeći ekspert u području epidemiologije te voditelj Laboratorija za molekularnu dijagnostiku. Povezivanje genetike virusa s epidemiološkim podacima omogućit će jasno određivanje izvora zaraze te praćenje širenja zaraze širom Hrvatske. Vrlo je važno razumijevanje puteve ulaska virusa u Hrvatsku tijekom ove epidemije, ali i eventualnih budućih, kako bi se moglo djelovati i prevenirati. Projekt analize genoma virusa koordinirao je izv. prof. Igor Jurak s Odjela za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci i voditelj Laboratorija za molekularnu virologiju. Igor Jurak ima više od 20 godina iskustva u istraživanju biologija virusa, posebice biologije herpes simpleks virusa. U tijeku epidemije laboratorij je preusmjerio svoj interes u istraživanje koronavirusa kako bi svoje višegodišnje iskustvo mogli pretočiti u smjeru suzbijanja pandemije COVID-19, kazali su iz Sveučilišta u Rijeci.
Valja naglasiti da su pripreme za ovaj poduhvat trajale tjednima u okolnostima koje su znatno otežavala provedbu projekta, posebice potres koji je pogodio Zagreb i oštetio dio zgrade u kojoj se nalazi oprema. Međutim, iznimnim požrtvovanjem i radom 24/7 svih suradnika na projektnu u samo 7 dana od primitka uzoraka dobivena je sekvenca. Ovime je pokazano da Hrvatska posjeduje i tehničke i ljudske resurse da stane uz bok i drugim zemljama koje doprinose razumijevanju SARS-CoV-2.Na temeljima ove uspješne interdisciplinarne suradnje koja je dovela do razvoja platforme za analizu virusa i određivanje prvog genoma SARS-COV-2 koji cirkulira u Hrvatskoj, ovaj tim znanstvenika će u suradnji s Kliničkim bolničkim centrom Rijeka i dvoje liječnika, dr. Đurđica Cekinović i Alen Piralić, uključenih na zbrinjavanju bolesnika oboljelih od COVID-19, nastaviti daljnja detaljna istraživanja virusa i bolesti čime će zasigurno doprinijeti svjetskim naporima na suzbijanju pošasti COVID-19.
– Važno je naglasiti da je pandemija COVID-19, s jedne strane ugrozila živote ljudi gotovo u svim državama svijeta, međutim također je pokrenula dosada neviđenu aktivaciju resursa svjetske znanstvene zajednice usmjerene ka zajedničkom cilju, što se najbolje očitava otvorenim pristupima bazama podataka i publikacijama te otvorenosti za suradnju. Podaci ovog istraživanja također su javno dostupni u bazi podataka GISAID, kazali su iz Sveučilišta u Rijeci.
